A Operação Catraca Embarcada é alvo de muitas críticas por parte dos militares envolvidos na ação. De acordo com informações, no sistema adotado um policial fardado entra no coletivo enquanto uma viatura com outro policial segue atrás escoltando o ônibus para que o coletivo não seja assaltado. Segundo eles, o grande problema é que enquanto um ônibus está seguro, outros coletivos são assaltados.
Outra crítica a essa operação é que são realizadas abordagens todos os dias, no mesmos locais e horários, mas que na maioria das vezes a ação tem o intuito apenas de obter o registro fotográfico.
Outro ponto mencionado na denúncia é em relação às viaturas que ficam paradas nos retornos das vias de São Luís e que só podem sair com autorização do CIOPS. Os PMs relatam que enquanto os veículos ficam parados, os bandidos aproveitam para praticarem seus crimes dentro dos bairros.